申请日本留学，简单来说一般分为两个阶段，一个是申请在留阶段，一个是办理签证阶段；
1、申请在留阶段。
对留学生而言，几乎所有的申请签证都是委托在日代理人代理申请的，在日代理人一般就是语言学校或是大学的相关事务或是日本的行政书士。申请人在获得入学许可后，学校为其申办“在留资格认定证明书”。申请在留资格时，需向该学校所在地区的地方入境管理局提交相关书面材料。包括在留资格认定证明申请书、申请人照片、户籍证明材料、申请人语言能力证明书、护照的复印件、经费支付人亲属公证书等（视申请院校要求会有不同，详见收到的校方资料）。代理申请以后，若无问题，入管则于2-3星期内向代理人寄出“在留资格认定证明书”。代理人在收到“在留资格认定证明书”会寄给申请人。
（1）给申请人本人打电话一般是了解个人基本情况，比如去日本留学的理由，将来的打算，日语学习情况等等，所回答的信息都要和申请的时候递交的履历信息完全一致的。
（2）给担保人打电话主要是了解下担保人对申请人留学是否支持以及是否有能力支持，比如会问担保人本人是否知道自己家小孩儿申请的学校名称，以及给单位打电话了解担保人的年收入情况等。按照以往经验来看，如果申请学校是优良校且递交申请材料的时候没有矛盾点，材料很规范工整，一般被电话调查的机率是很小的。
2、办理签证阶段，所处的城市不同，所要递签的使领馆也是不同的。大使（领事）馆在每个地区有相关的材料代理递交机构，原则上是不接受个人递交的。可以参照地区归属的领事馆，然后在根据领事馆指定的代办中心去提交资料即可。原则上会在5到7个工作日后发放签证。
可参考下图以及日本驻华大使馆网站：https://www.cn.emb-japan.go.jp/consular.htm

3、在留资格是日本入国管理局审批的，签证是日本驻*大使馆审批的，拿到在留后才能申请签证。
申请签证时须递交材料如下：
　　1、在留资格认定证明书正本
　　2、两份留学理由书(详细写明去日本学习的目的和学科)
　　3、本人经历书(写明从上*迄今为止的情况)
　　4、誓约书(由日本驻华使馆发给，本人应签名或盖章)
　　5、日本入境签证申请表(由日本驻华使馆发给)
　　6、亲属关系表(由日本驻华使馆发给)
4、申请签证时家庭经济支付力成审查重点。经费支付人证明自身经济能力的相关公共机关出具的各类证明被严格审查。户籍为“六省市”（北京、上海、天津、广东、江苏、浙江）的申请者的签证*仍高于地方省市的申请者。所以，建议留学申请者特别是户籍为六省市以外地域的留学申请者，其经费支付人的相关经济实力证明一定要符合一般的常识，尤其要充分考虑到当地经济发展整体水平，做到实事求是。如果违背一般的原则或常识，即使留学申请者本人具有再高的学历及语言水平，也可能拿不到签证。家庭经济支付能力从来都是各国留学签证审核的“重点”。
5、语言能力水平将作规范化要求。
    以往申请赴日留学特别是读语言类学校的申请者，在赴日前的日语水平通常要求只要具备150-200的日语学时数即可。但是由于近年来屡次出现申请者赴日前所出具的日语学时证明与实际日语能力不相符的情况，加之国内一些语言培训机构受利益驱使，虚开学时证明的现象频发，失去了诚信度。鉴于上述情况，日本签证审核加强了这方面的力度。
    从近年的签证整体情况分析，今后除学时证明外，日本留学申请者将可能被明确要求提交日语水平测试机构出具的相应测试证明。除了日语能力水平测试（JPT）外，J.TEST考试（日本托业考试）将被更广泛地采用。因为相对于日语水平能力测试（JPT），该考试在考试时间上更利于学生选择。
6、加强核查申请材料是否真实
    日本签证一般分为两部分：首先必须取得日本法务省入国管理局签发的《在留资格认定证明书》（简称“在留”），只有持有在留的申请者才有资格向各使领馆提交*终签证申请。按照惯例，由于日本入管局人手资金方面的局限性，在留审核阶段，一般主要以书面审核为主，多半不进行电话调查。对申请者本身或申请者经费支付人的相关调查一般由各使领馆进行。